文献速递 (2018年1月)

Coalescent-Based Analyses of Genomic Sequence Data Provide a Robust Resolution of Phylogenetic Relationships among Major Groups of Gibbons >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 35, Issue 1, 1 January 2018
长臂猿各群体的系统发育关系还不是很明确,主要是因为长臂猿是辐射状物种形成过程,因此种内有许多极短的枝以及谱系不完全分离,基因树的异质性。作者评估了基于启发式溯祖的几种方法对上述情形的适用性。

Out of Southern East Asia of the Brown Rat Revealed by Large-Scale Genome Sequencing >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 35, Issue 1, 1 January 2018
作者对110只野生棕鼠进行了全基因组测序,揭示了棕鼠群体的起源和迁徙历史。研究发现,几千年前棕鼠从东南亚迁出,扩散到中东和欧洲以及非洲。作者还发现野生棕鼠许多免疫相关基因都经过了正选择。

The Comoros Show the Earliest Austronesian Gene Flow into the Swahili Corridor >>>30464-0)

AJHG, Volume 102, Issue 1, p58–68, 4 January 2018
作者对来自肯尼亚和科摩罗以及印度洋周边的276个人类样本进行了全基因组基因分型,重建了这些群体的动态历史。作者的研究支持了科摩罗群岛是最先与太平洋南诸岛和非洲群体接触的观点。

A Comprehensive Workflow for Read Depth-Based Identification of Copy-Number Variation from Whole-Genome Sequence Data >>>30496-2)

AJHG, Volume 102, Issue 1, p142–155, 4 January 2018
作者提出了一套通过短读长重测序精确检测CNV的流程,包括文库构建,测序,质控,比对参考序列和CNV鉴别计算。

Nature Reviews Genetics volume 19, pages 21–33 (2018)
作物抗病性的综述。近期人们对宿主-病原菌互作的遗传机制认识加深,鉴定了一些抗病基因及其机制。

Genomic features of bacterial adaptation to plants >>>

Nature Genetics, volume 50, pages138–150 (2018)
使微生物适应植物生态环境的基因及其功能的研究还不是很清楚。作者对484个来自十字花科、白杨和玉米根部的细菌分离物基因组进行测序,与3837个其他细菌基因组比较,鉴别了上千个和植物相关的基因簇。这些细菌编码更多的碳水化合物代谢基因,以及更少的转座子。

NGS-pipe: a flexible, easily extendable and highly configurable framework for NGS analysis >>>

Bioinformatics, Volume 34, Issue 1, 1 January 2018
Python写的WGS、WES、RNA分析流程,包括质控去接头到变异检测(包括CNV),可以参考。

Interactive network visualization in Jupyter notebooks: visJS2jupyter >>>

Bioinformatics, Volume 34, Issue 2, 15 January 2018
基于Jupyter Notebook的互作network可视化python包。 类似的如Cytoscape,Gephi。

LinkageMapView—rendering high-resolution linkage and QTL maps >>>

Bioinformatics, Volume 34, Issue 2, 15 January 2018
画连锁图和QTL的R包。

Identifying structural variants using linked-read sequencing data >>>

Bioinformatics, Volume 34, Issue 2, 15 January 2018
利用10X genomics等测序技术产生的linked reads检测结构变异。

Inferring sex-specific demographic history from SNP data >>>

PLoS Genet 14(1): e1007191.
通过SNP的频率统计数据推断群体的分化时间和有效群体中不同性别比例(前者需要常染色体数据,后者需要X染色体数据)。

Insular Celtic population structure and genomic footprints of migration >>>

PLoS Genet 14(1): e1007152.
之前用基于单标记(SNP)的方法分析爱尔兰人的遗传数据,发现其是均质化的。但是作者利用基于单体型(fineSTRUCTURE)的数据分析发现,存在23个和地理相关的遗传聚类簇。

Genomic signals of selection predict climate-driven population declines in a migratory bird >>>

Science 05 Jan 2018: Vol. 359, Issue 6371, pp. 83-86
作者对来自21个地区的229只黄林莺(Setophaga petechia)进行了RAD测序,通过与环境的关联分析,发现了与环境变化相关的基因。

Terminal Pleistocene Alaskan genome reveals first founding population of Native Americans >>>

Nature volume 553, pages 203–207 (11 January 2018)
作者对白令陆桥地区11.5 Kya的人类婴儿样本进行测序。发现该样本在系统发育树上处于所有发现的美国土著样本的基部(包括古DNA样本)。作者发现白令陆桥地区群体和美国土著群体来自同一祖先群体,大概36 Kya分化,存在持续的基因流一直到25 Kya。作者还研究了美国人内部的群体结构和分化历史。

The genome of Schmidtea mediterranea and the evolution of core cellular mechanisms >>>

Nature volume 554, pages 56–61 (01 February 2018)
真涡虫参考序列。真涡虫是干细胞研究和再生的模式生物。

Evolutionary history of the angiosperm flora of China >>>

Nature volume 554, pages 234–238 (08 February 2018)
作者通过构建带时间的系统发育树和地理分布数据,研究了中国26,978种被子植物(占中国被子植物总量的92%)的时间-空间分化模型。

FineMAV: prioritizing candidate genetic variants driving local adaptations in human populations >>>

Genome Biology, 2018, 19:5
选择分析的新方法,评估结果比CMS要好。

Hybrid speciation leads to novel male secondary sexual ornamentation of an Amazonian bird >>>

PNAS 2018 January, 115 (2) E218-E225.
由不同物种杂交而形成新物种的研究不多。作者研究了亚马逊流域两种鸟杂交形成的新物种。利用SNP数据,研究了该鸟的遗传混合,群体结构等。

Ancient polymorphisms and divergence hitchhiking contribute to genomic islands of divergence within a poplar species complex >>>

作者利用杨树几个种的基因组数据,分析了基因组中divergence islands形成的原因。作者发现杨树中的divergence islands长度和数量并不随着基因流水平和分歧时间变化,而是和祖先多态性相关。

Demography and mating system shape the genome-wide impact of purifying selection in Arabis alpina >>>

PNAS 2018 January, 115 (4) 816-821.
作者对欧洲38个黄花亭荠进行了全基因组测序,研究了不同交配系统(outcrossing/inbreeding/mixed)对群体多态性和有害突变积累及纯化选择的影响。

The Geographic Origins of Ethnic Groups in the Indian Subcontinent: Exploring Ancient Footprints with Y-DNA Haplogroups >>>

Front. Genet., 23 January 2018
通过Y染色体分析印度次大陆各种群的起源。

A southern African origin and cryptic structure in the highly mobile plains zebra >>>

Nature Ecology & Evolution, volume 2, pages 491–498 (2018)
平原斑马是非洲数量最多、分布最广的有蹄动物,根据形态可以划分为6个亚种。作者对包括所有亚种的59只平原斑马进行了RAD测序,此外,还包括3只山斑马和3只细纹斑马。通过分析发现,平原斑马的遗传结构和亚种的形态划分并不一致。群体统计模型表明,平原斑马大概在370 Kya从南非向非洲其他地区扩散。已灭绝的南非小斑马属于平原斑马变种,而且相对现存的北部平原斑马,南非小斑马和其他平原斑马在遗传上更近。

A genome for gnetophytes and early evolution of seed plants >>>

Nature Plants, volume 4, pages82–89 (2018)
裸子植物买麻藤基因组。

Autosomal and Mitochondrial Adaptation Following Admixture: A Case Study on the Honeybees of Reunion Island >>>

Genome Biology and Evolution, Volume 10, Issue 1, 1 January 2018
作者研究了留尼汪岛意蜂的遗传起源,以及对热带气候的适应性。

Elevated Proportions of Deleterious Genetic Variation in Domestic Animals and Plants >>>

Genome Biology and Evolution, Volume 10, Issue 1, 1 January 2018
作者研究了驯化动物和植物基因组中有害突变积累的情况。

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