文献速递 (2017年12月)

An Evolutionary Genomic Perspective on the Breeding of Dwarf Chickens >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 12, 1 December 2017
矮化鸡的进化历史一直是个迷。作者研究了世界上最小的培育品种鸡 Serama,通过选择分析,找到了矮化现象的遗传机制。

The Genetic Legacy of the Indian Ocean Slave Trade: Recent Admixture and Post-admixture Selection in the Makranis of Pakistan >>>30394-4)

AJHG, Volume 101, Issue 6, p977–984, 7 December 2017
作者研究了阿拉伯海的巴基斯坦非洲后裔群体Makranis,以及其周围地区的巴基斯坦其他群体。作者发现Makranis由当地的Baluch部落和非洲东部或东南部的Bantu语系群体混合而成,该事件大概发生在300年前的阿曼帝国统治期间。Makranis人的RoH和巴基斯坦的其他群体RoH水平相似,说明其快速适应了当地的同族婚配习惯。作者最后研究了Makranis群体混合事件后正选择作用下的快速适应,包括肤色,乳糖耐性,疟疾抗性。

Demographic history, selection and functional diversity of the canine genome >>>

Nature Reviews Genetics volume 18, pages 705–720 (2017)
对狗的驯化、选择历史研究进行了综述。

Lep-MAP3: robust linkage mapping even for low-coverage whole genome sequencing data >>>

Bioinformatics, Volume 33, Issue 23, 1 December 2017
低深度测序、高密度标记遗传图谱构建工具,作者构建了测序深度在7~12x,300万标记的高密度遗传图谱。

MapReduce for accurate error correction of next-generation sequencing data >>>

Bioinformatics, Volume 33, Issue 23, 1 December 2017
目前的测序技术存在系统错误,而已有的纠错软件往往引入更多错误,作者开发了一款表现不错的高通量测序数据纠错软件。

Genome-wide association studies using a penalized moving-window regression >>>

Bioinformatics, Volume 33, Issue 24, 15 December 2017
通过分析临近SNP的表现,去掉GWAS分析结果中的噪音。

On the origin of modern humans: Asian perspectives >>>

Science 08 Dec 2017
目前主流理论认为现代人是6万年前从非洲扩散而来,并取代了其它地区的土著人种。但是最近在亚洲发现的考古学、地质学、遗传学和古生物环境等证据表面,亚洲人的起源并不是简单的从非洲扩散而来。

Adaptation of Arabidopsis thaliana to the Yangtze River basin >>>

Genome Biology 2017 18:239
作者对扬子江流域的118个拟南芥进行了测序,作者发现这些拟南芥是61,409 年前分化的独立群体,经历了两次基因流事件,大约几千年前扩散到扬子江流域。作者分析了包括开花时间等性状在基因组上的选择信号。

sRNAnalyzer—a flexible and customizable small RNA sequencing data analysis pipeline >>>

Nucleic Acids Research, Volume 45, Issue 21, 1 December 2017
small RNA分析流程。该流程为perl写的开源项目。

Genetic Diversity and Population Structure of Ethiopian Sheep Populations Revealed by High-Density SNP Markers >>>

Front. Genet., 22 December 2017
作者对埃塞俄比亚5个不同地区的72只羊利用600 K SNP芯片进行了基因分型,研究了埃塞俄比亚绵羊的遗传多样性和群体结构。

Coupling Seq-BSA and RNA-Seq Analyses Reveal the Molecular Pathway and Genes Associated with Heading Type in Chinese Cabbage >>>

Front. Genet., 12 December 2017
利用BSA和转录组分析,定位控制中国大白菜花型的基因。作者在计算差异所用的欧氏距离和筛选离群值的方法可以参考。

Draft Sequencing of the Heterozygous Diploid Genome of Satsuma (Citrus unshiu Marc.) Using a Hybrid Assembly Approach >>>

Front. Genet., 05 December 2017
无核小蜜橘基因组组装。可能是因为杂合度高的原因,组装效果不好,N50才~386 Kb。

Contributions of Zea mays subspecies mexicana haplotypes to modern maize >>>

Nature Communicationsvolume 8, Article number: 1874 (2017)
玉米由亚种 parviglumis 驯化而来,但亚种 mexicana 对现代玉米的贡献还不清楚。本研究对现代玉米和 parviglumis 进行了宏基因组测序,揭示了 parviglumis 对现代玉米基因组的贡献。

Whole-genome sequencing for an enhanced understanding of genetic variation among South Africans >>>

Nature Communicationsvolume 8, Article number: 2062 (2017)
作者对24个南非人进行了高深度(50 x)测序,包括8个混血和16个Bantu语系人。对其遗传多样性,群体结构进行了研究。

Nemertean and phoronid genomes reveal lophotrochozoan evolution and the origin of bilaterian heads >>>

Nature Ecology & Evolutionvolume 2, 141–151 (2018)
纽虫和帚虫基因组测序揭示了触手担轮类动物的进化以及头部两侧对称的起源。

Genome of the Tasmanian tiger provides insights into the evolution and demography of an extinct marsupial carnivore >>>

Nature Ecology & Evolutionvolume 2, pages182–192 (2018)
塔斯马尼亚袋狼基因组测序。揭示其群体历史。

Genomic basis and evolutionary potential for extreme drought adaptation in Arabidopsis thaliana >>>

Nature Ecology & Evolutionvolume 2, pages352–358 (2018)
作者通过对适应极端干旱环境拟南芥群体的研究,调查其他群体对干旱适应的潜力。通过本研究,突出了种内遗传异质性对环境变化适应的重要性。

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