文献速递 (2017年11月)

Exome Sequencing Provides Evidence of Polygenic Adaptation to a Fat-Rich Animal Diet in Indigenous Siberian Populations >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 11, 1 November 2017
作者研究了西伯利亚恩加纳桑人和雅库特人对严寒环境适应性的遗传机制,发现7个选择信号是西伯利亚人特有的,其中3个和饮食代谢相关,特别是脂肪代谢,暗示了西伯利亚人对高脂肪食物的适应性。作者发现这两个西伯利亚人群在~12,000-13,000年前分化,伴随持续的基因流过程。(基于多基因模型依赖的选择分析模型,方法可能有借鉴意义)

Detecting Long-Term Balancing Selection Using Allele Frequency Correlation >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 11, 1 November 2017
检测平衡选择(balance selection)信号的新方法。

Genome-wide Ancestry and Demographic History of African-Descendant Maroon Communities from French Guiana and Suriname >>>30390-7)

AJHG, Volume 101, Issue 5, p725–736, 2 November 2017
作者研究了奴隶贸易时期,美洲形成的黑人群体的动态历史。美洲有很多逃脱奴役的黑人形成的群体,如Noir Marron,其保持着很高的非洲人祖先成分,可能和其几个世纪的遗传隔离相关。巴西和哥伦比亚的黑人,因为其复杂的混合历史,所以有较多欧洲人和美洲土著的遗传成分。作者还推断了这些混合发生的时间。有意思的是作者还发现了性别特异的基因流--显著的欧洲父系基因流(这些禽兽……)。作者还推测了这些黑人群体对应的非洲祖先群体。

AJHG, Volume 101, Issue 5, p752–767, 2 November 2017
作者研究了印第安人高原适应性的遗传机制,文章结合了选择分析,适应性渗透分析,关联分析等方法,很有借鉴意义。

The trajectory of microbial single-cell sequencing >>>

Nature Methods 14, 1045–1054 (2017)
微生物单细胞测序综述。

MECAT: fast mapping, error correction, and de novo assembly for single-molecule sequencing reads >>>

Nature Methods 14, 1072–1074 (2017)
单分子测序数据比对、纠错和从头组装软件。

Towards standards for human fecal sample processing in metagenomic studies >>>

Nature Biotechnology 35, 1069–1076 (2017)
作者测试了21种具有代表性的人类粪便微生物DNA提取方案,定量比较了他们在观测微生物群体组分的差异。作者也比较了他们由文库构建,样本存储,发现DNA提取对宏基因组分析影响最大。作者还观察到不同方法对革兰氏阴性和阳性细菌比例的便好。由此作者提出了人类粪便微生物DNA提取的标准化流程。

Detection of long repeat expansions from PCR-free whole-genome sequence data >>>

Genome Res. 2017. 27: 1895-1903
基因组上很多长的短串联重复和疾病相关,作者开发了一个基于不依赖PCR文库和短读长全基因组测序数据检测短串联重复序列扩张的软件。

The Mobile Element Locator Tool (MELT): population-scale mobile element discovery and biology >>>

Genome Res. 2017. 27: 1916-1929
检测转座子软件,无论在速度、准确性和灵敏度都好于现存其他软件。

Transposable Elements Direct The Coevolution between Plants and Microbes >>>30112-9)

Trends in Genetics, Volume 33, Issue 11, p842–851, November 2017
综述:转座子主导的植物病原菌和其宿祖的协同进化(病原菌基因组中转座子活跃的区域往往是致病基因所在,而宿祖基因组中转座子活跃区域往往是免疫基因所在区域)。
本期Trends in Genetics发表了多篇有关转座子的综述。

Harnessing ancient genomes to study the history of human adaptation >>>

Nature Reviews Genetics 18, 659–674 (2017)
利用古DNA样本研究人类对新环境的适应性以及共同进化的病原菌。

The draft genome of tropical fruit durian (Durio zibethinus) >>>

Nature Genetics 49, 1633–1641 (2017)
榴莲基因组草图发表。作者发现了榴莲和棉花共享的古多倍体化事件,以及榴莲特有的蛋氨酸r裂解酶(MGL)基因扩张,这和硫磺味挥发复合物相关。

Genomic history of the seventh pandemic of cholera in Africa >>>

Science 10 Nov 2017:
Vol. 358, Issue 6364, pp. 785-789
通过对非洲45个国家,长达49年的1070个霍乱弧菌进行基因组测序,研究非洲第七次霍乱爆发的历史。

Southern African ancient genomes estimate modern human divergence to 350,000 to 260,000 years ago >>>

Science 03 Nov 2017:
Vol. 358, Issue 6363, pp. 652-655
通过对7个古DNA(3个石器时代,4个铁器时代)全基因组测序,揭示现代人群在350,000~260,000年前分歧。作者的研究将该时间大大推前了。

A high-coverage Neandertal genome from Vindija Cave in Croatia >>>

Science 03 Nov 2017:
Vol. 358, Issue 6363, pp. 655-658
作者发表了第二个高质量尼安德特人基因组。研究发现该基因组的杂合度为0.16%,比现代人要低,说明尼安德特人的有效群体大小较小。

Genome sequence of the progenitor of the wheat D genome Aegilops tauschii >>>

Nature 551, 498–502 (23 November 2017)
小麦D基因组二倍体祖先山羊草基因组测序。作者发现其基因组中的重复序列比任何其它植物基因组都要多,其进化速度要比其它草高一个数量级。

The dynamics of molecular evolution over 60,000 generations >>>

大肠杆菌传60000代,其基因组的动态变化。

Long-term balancing selection contributes to adaptation in Arabidopsis and its relatives >>>

Genome Biology, 2017 18:217
拟南芥和其近缘种的平衡选择。揭示了平衡选择对适应性的重要性。

The interplay of demography and selection during maize domestication and expansion >>>

Genome Biology, 2017 18:215
玉米驯化和扩张过程中群体大小变化和选择的相互影响。

New reference genome sequences of hot pepper reveal the massive evolution of plant disease-resistance genes by retroduplication >>>

Genome Biology, 2017 18:210
作者测了3种辣椒基因组,通过比较基因组,研究大的进化事件(染色体重排)。

Survival and divergence in a small group: The extraordinary genomic history of the endangered Apennine brown bear stragglers >>>

PNAS November 7, 2017 vol. 114 no. 45 E9589-E9597
作者研究了亚平宁半岛一个隔绝的濒临灭绝的棕熊群体。该群体是研究大型濒临灭绝哺乳动物的遗传漂变和选择的好材料。

Contributions of Zea mays subspecies mexicana haplotypes to modern maize >>>

Nature Communications 8, Article number: 1874 (2017)
作者对玉米野生种mexicana和现代育成种进行了泛基因组组装,揭示了野生种对育成种的贡献。

A soft selective sweep during rapid evolution of gentle behaviour in an Africanized honeybee >>>

Nature Communications 8, Article number: 1550 (2017)
作者对非洲化蜜蜂的温驯行为的选择作用进行了研究。

The effect of artificial selection on phenotypic plasticity in maize >>>

Nature Communications 8, Article number: 1348 (2017)
人工选择对玉米表型可塑性的影响。

Tracing the origin and evolution of supergene mimicry in butterflies >>>

Nature Communications 8, Article number: 1269 (2017)
作者对蝴蝶拟态超基因家族的来源和进化进行了研究。

Genomic structural variation-mediated allelic suppression causes hybrid male sterility in rice >>>

由基因组结构变异引起的等位基因抑制而导致的水稻杂交雄性不育。

The asparagus genome sheds light on the origin and evolution of a young Y chromosome >>>

Nature Communications 8, Article number: 1279 (2017)
芦笋基因组揭示了年轻Y染色体的起源和进化。

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