文献速递 (2017年10月)

Genome-Wide Analysis of Colonization History and Concomitant Selection in Arabidopsis lyrata >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 10, 1 October 2017
作者研究了不同地域(德国,英国,挪威,瑞典和美国)分布的琴叶拟南芥群体历史,以及适应当地环境的选择信号。

Genetic History of Xinjiang’s Uyghurs Suggests Bronze Age Multiple-Way Contacts in Eurasia >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 10, 1 October 2017
通过对来自14个地理亚群共951个新疆维吾尔族人芯片基因型数据的研究,揭示了维吾尔族人由于天山山脉隔断的南北群体分层,以及广泛存在的东西向基因流。发现了维吾尔族人与来自欧洲和东亚人群的两次群体混合事件。(文章使用了新的做Admixture的软件MultiWaver,该软件还未发表,有预印版,可以关注。)

Complex Patterns of Admixture across the Indonesian Archipelago >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 10, 1 October 2017
作者对来自25个不同群体的498个马来西亚人样本进行了510K SNP芯片分型,研究了其内部群体分层,以及和其他人群的基因交流事件及时间。

Inferring Past Environments from Ancient Epigenomes >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 10, 1 October 2017
作者提出了根据甲基化推断古人所处的环境:生活习惯、疾病、营养、毒素暴露等等。

Pearl millet genome sequence provides a resource to improve agronomic traits in arid environments >>>

Nature Biotechnology 35, 969–976 (2017)
作者对珍珠栗基因组进行了组装,1.79 Gb草图包含了38,579个基因。这些基因在蜡质生物合成途径存在潜在富集,可能是珍珠栗适应热带和干旱环境的原因。作者还对994个珍珠栗品系进行了重测序,对其群体结构、遗传多样性和驯化进行了研究。作者还对表型及标记进行了关联,为珍珠栗改良育种提供了基础。

Haplostrips: revealing population structure through haplotype visualization >>>

METHODS ECOL EVOL, Volume 8, Issue 10, October 2017
python和R写的一个单体型可视化工具,输入为phase后的vcf文件,可以根据某个群体的单体型进行排序。

fastNGSadmix: admixture proportions and principal component analysis of a single NGS sample >>>

Bioinformatics, Volume 33, Issue 19, 1 October 2017
PCA和admixture分析的工具,该软件输入的是GL,因此适合低深度测序基因型判断不准的情况。

Recent natural selection causes adaptive evolution of an avian polygenic trait >>>

Science 20 Oct 2017: Vol. 358, Issue 6361, pp. 365-368
作者研究了英国大山雀的基因组选择信号,发现很多基因和鸟喙长度相关,特别是COL4A5基因,而该基因和繁殖成功率相关,因此说明鸟喙长度持续受到选择。

Alignment-free sequence comparison: benefits, applications, and tools >>>

Genome Biology201718:186
不依赖于参考序列比对的分析方法综述。这些方法通过提取原始测序数据的文本特征来比较不同样本之间的相似度,或检测基因水平转移等。相比依赖于参考序列比对的方法,这些方法不依赖参考序列,而且计算速度更快。

Evolutionary genomics of grape (Vitis vinifera ssp. vinifera) domestication >>>

PNAS October 31, 2017 vol. 114 no. 44 11715-11720
葡萄驯化研究。发现葡萄的驯化早于之前推测,在2,2000年前就开始和野生种分化。鉴定了在驯化过程中与糖代谢,花期,胁迫反应等相关的受选择基因,并发现了驯化过程中有害突变的积累。

Genome of wild olive and the evolution of oil biosynthesis >>>

PNAS October 31, 2017 vol. 114 no. 44 E9413-E9422
野生橄榄基因组从头测序,揭示了油脂合成过程中的关键基因。

New Tools in Orthology Analysis: A Brief Review of Promising Perspectives >>>

Front. Genet., 31 October 2017
同源基因鉴定算法和软件的综述。

Departure from Hardy Weinberg Equilibrium and Genotyping Error >>>

Front. Genet., 31 October 2017
作者研究了基因分型错误和哈温平衡之间的关系。

Echinochloa crus-galli genome analysis provides insight into its adaptation and invasiveness as a weed >>>

Nature Communications 8, Article number: 1031 (2017)
六倍体稗草基因组组装及其适应性机制。

Demographic history and biologically relevant genetic variation of Native Mexicans inferred from whole-genome sequencing >>>

Nature Communications 8, Article number: 1005 (2017)
作者对12个属于3个墨西哥遗传群体的6个族群的本土美国人进行了全基因组测序。解释了其近期群体历史和适应性。

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