文献速递 (2017年6月)

A Critical Review on the Use of Support Values in Tree Viewers and Bioinformatics Toolkits >>>

Mol Biol Evol (2017) 34 (6): 1535-1542.
一般系统发育树以Newick格式储存,其中branch values如bootstrap等以node label的形式储存,在用软件如figtree进行rerooting的时候,会出现错误。文章对20种软件进行了测试,发现其中14个都会出现问题。

New Statistical Criteria Detect Phylogenetic Bias Caused by Compositional Heterogeneity >>>

Mol Biol Evol (2017) 34 (6): 1529-1534.
构建系统发育树的进化模型一般假定DNA序列的碱基组成是恒定的,但是实际数据并不符合。文章对碱基组成异质性对系统发育树的拓扑结构、枝长的影响进行了评估。

Genetic Diversity and the Efficacy of Purifying Selection across Plant and Animal Species >>>

Mol Biol Evol (2017) 34 (6): 1417-1428.
为什么有的物种比其它物种遗传多样性高以及为什么选择效应在不同物种中差异很大,这是进化生物学的两个中心问题。作者通过对34个动物和28个植物的全基因组数据,比较他们的同义和非同义突变发现,动物的寿命和繁殖数量是解释其非同义突变数量最好的因素。植物的寿命和交配系统一样起着主要作用。非同义比同义突变的对数和同义突变的数量呈负线性关系,但是植物的斜率要低于动物,可能是因为植物的突变率高于动物。

Contrasting Rates of Molecular Evolution and Patterns of Selection among Gymnosperms and Flowering Plants >>>

Mol Biol Evol (2017) 34 (6): 1363-1377.
被子植物是裸子植物分子进化速率的7倍,裸子植物较大的基因组和长代时是进化速率慢的原因,裸子植物具有更高的替换率比(非同义比同义?)。裸子植物具有更强和更有效的纯化和多样化选择,可能是由于其较大的有效群体大小。

Mitochondrial Mutation Rate, Spectrum and Heteroplasmy in Caenorhabditis elegans Spontaneous Mutation Accumulation Lines of Differing Population Size >>>

Mol Biol Evol (2017) 34 (6): 1319-1334.
不同群体大小下新杆状线虫自发突变累计系的线粒体突变率、频谱和异质性。

Optimal sequencing strategies for identifying disease-associated singletons >>>

PLoS Genet 13(6): e1006811.
作者对测序深度对singletons突变关联把握度(power)的影响进行了评估和测序方案建议。评估发现测序深度15~20 X为最佳方案。

admixturegraph: an R package for admixture graph manipulation and fitting >>>

Bioinformatics (2017) 33 (11): 1738-1740.
构建和可视化admixture graph,根据遗传数据拟合graph参数,可视化拟合优度,以及不同graph之间的相对优度。

ModelFinder: fast model selection for accurate phylogenetic estimates >>>

Nature Methods 14, 587–589 (2017)
模型选择是模型依赖的系统进化树构建的关键,作者提出了一个快速选择合适模型的方法/工具 ModelFinder。

Genome-wide profiling of heritable and de novo STR variations >>>

Nature Methods 14, 590–592 (2017)
Short tandem repeats (STRs) 检测工具HipSTR。

A genetic signature of the evolution of loss of flight in the Galapagos cormorant >>>

Science 02 Jun 2017: Vol. 356, Issue 6341, eaal3345
通过对加拉帕戈斯群岛鸬鹚,一种不会飞的鸬鹚,及其几个近缘会飞的鸬鹚的全基因组从头测序,解释了加拉帕戈斯群岛鸬鹚丧失飞行能力的遗传机制。

How to measure natural selection >>>

Methods in Ecology and Evolution, Volume 8, Issue 6 June 2017 Pages 660–662
本期主要内容为自然选择分析,本文对本期杂志7篇关于选择分析的文章进行了概述。

Fine-mapping inflammatory bowel disease loci to single-variant resolution >>>

Nature (2017)
肠道炎的GWAS分析。之前的研究虽然找到了200个关联的位点,但是很少有找到确定的功能变异。本研究找到了18个关联位点,有95%的置信度为causal变异。另外27个置信度超过50%。

Improved maize reference genome with single-molecule technologies >>>

Nature 546, 524–527 (22 June 2017)
利用单分子实时测序和高分辨率光学图谱技术重新组装了玉米基因组,contig长度提升了52倍,基因间区和着丝粒区域组装得到了明显改善,鉴定了130,000个完整转座子。通过单分子实时测序技术获得了111,000个全长转录本,更新了基因注释。

Gene flow, ancient polymorphism, and ecological adaptation shape the genomic landscape of divergence among Darwin’s finches >>>

Genome Res. 2017. 27: 1004-1015
作者研究了12种达尔文雀,通过扫描全基因组中两两遗传差异大的区域(FST,dXY),发现同域和异域的种之间这种区域的数量相当,说明基因流不是它们形成的主要因素。在这些区域发现了和鸟喙发育相关的基因,说明这些区域涉及生态适应。作者还发现有些区域的形成于达尔文雀扩散的早期。

Asian wild rice is a hybrid swarm with extensive gene flow and feralization from domesticated rice >>>

Genome Res. 2017. 27: 1029-1038
作者对203个栽培稻和435个野生稻就行了研究,发现现在的野生稻大多与栽培稻存在大量通过花粉或种子介导的基因流。研究还发现aus, indica和 japonica与同域的野生稻存在不同的基因流地理模式。与japonica相比,野生稻与aus, indica的基因流发生在更近期,可能与japonica很早以前就广泛分布有关。

Increasing mapping precision of genome-wide association studies: to genotype and impute, sequence, or both? >>>

Genome Biology201718:118
作者对GWAS精细定位进行了综述,主要关注全基因组测序和芯片分型加推断的优劣势。

Differentiated demographic histories and local adaptations between Sherpas and Tibetans >>>

Genome Biology201718:115
研究发现夏尔巴人和藏族人都是混合群体,但是不支持藏族人起源于夏尔巴人和汉人的猜想。与藏人相比,夏尔巴人有更高的南亚血统,藏人有更高的东亚和中亚/西伯利亚血统。作者还提出了新的模型来阐述藏人和夏尔巴人不同的群体历史和地区适应性。

“Like sugar in milk”: reconstructing the genetic history of the Parsi population >>>

Genome Biology 2017 18:110
研究发现在现代人群种,与其南亚邻居相比,帕西人在遗传上与伊朗和高加索人更近,帕西人与现代伊朗人共享更多的单倍型,帕西人大概1,200年前与印度人分歧。帕西人较高的纯合度反映了其近期的隔离和近交。古样本中观测到了48%南亚特有的线粒体型,可能是帕西人早起定居与当地的女性结合有关。作者还发现,与现代伊朗人相比,帕西人与古伊朗人更近,因为现代伊朗人近期混合了近东的遗传成分。

The Evolutionary Interplay between Adaptation and Self-Fertilization >>>30055-0)

Trends in Genetics, Volume 33, Issue 6, p420–431, June 2017
作者对自交对适应性的影响进行了综述。

Wild tobacco genomes reveal the evolution of nicotine biosynthesis >>>

PNAS, June 6, 2017
vol. 114 no. 23
两种野生烟草基因组从头测序揭示了尼古丁生物合成的进化。

PosiGene: automated and easy-to-use pipeline for genome-wide detection of positively selected genes >>>

Nucleic Acids Res (2017) 45 (11): e100.
比较基因组学中,不同种同源基因正选择检测。

The Nephila clavipes genome highlights the diversity of spider silk genes and their complex expression >>>

Nature Genetics 49, 895–903 (2017)
大木林蛛基因组从头测序,揭示蛛丝基因的多样性和表达的复杂性。

Cassava haplotype map highlights fixation of deleterious mutations during clonal propagation >>>

Nature Genetics 49, 959–963 (2017)
作者通过对241个Cassava高深度测序来研究其有害突变的积累。研究发现,虽然驯化改变了淀粉和酮类代谢途径以适应人的消化,但是伴随的瓶颈效应和无性繁殖增加了有害突变的积累;因为Cassava基因组缺少重组,所以有害突变不能有效清除;虽然近期育种消除了杂合位点最有害的隐形突变以维持产量,但是并不能消除突变负载。

Contrasting evolutionary genome dynamics between domesticated and wild yeasts >>>

Nature Genetics 49, 913–924 (2017)
通过长读长测序12株酿酒酵母主要类型和其野生近缘种奇异酵母,研究酵母基因组机构变异的规律。

Genome sequencing and population genomic analyses provide insights into the adaptive landscape of silver birch >>>

Nature Genetics 49, 904–912 (2017)
银桦树基因组从头测序,并对80个银桦树进行了重测序,揭示了其群体历史和环境适应性。

Phylogenetic rooting using minimal ancestor deviation >>>

Nature Ecology & Evolution 1, 0193 (2017)
利用一种叫minimal ancestor deviation (MAD) 的方法给无根树定根。

如果我的博客能帮你节约时间,我会非常高兴你请我喝杯咖啡。