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Coalescent-Based Analyses of Genomic Sequence Data Provide a Robust Resolution of Phylogenetic Relationships among Major Groups of Gibbons >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 35, Issue 1, 1 January 2018
长臂猿各群体的系统发育关系还不是很明确，主要是因为长臂猿是辐射状物种形成过程，因此种内有许多极短的枝以及谱系不完全分离，基因树的异质性。作者评估了基于启发式溯祖的几种方法对上述情形的适用性。

Out of Southern East Asia of the Brown Rat Revealed by Large-Scale Genome Sequencing >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 35, Issue 1, 1 January 2018
作者对110只野生棕鼠进行了全基因组测序，揭示了棕鼠群体的起源和迁徙历史。研究发现，几千年前棕鼠从东南亚迁出，扩散到中东和欧洲以及非洲。作者还发现野生棕鼠许多免疫相关基因都经过了正选择。

An Evolutionary Genomic Perspective on the Breeding of Dwarf Chickens >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 12, 1 December 2017
矮化鸡的进化历史一直是个迷。作者研究了世界上最小的培育品种鸡 Serama，通过选择分析，找到了矮化现象的遗传机制。

The Genetic Legacy of the Indian Ocean Slave Trade: Recent Admixture and Post-admixture Selection in the Makranis of Pakistan >>>30394-4)

AJHG, Volume 101, Issue 6, p977–984, 7 December 2017
作者研究了阿拉伯海的巴基斯坦非洲后裔群体Makranis，以及其周围地区的巴基斯坦其他群体。作者发现Makranis由当地的Baluch部落和非洲东部或东南部的Bantu语系群体混合而成，该事件大概发生在300年前的阿曼帝国统治期间。Makranis人的RoH和巴基斯坦的其他群体RoH水平相似，说明其快速适应了当地的同族婚配习惯。作者最后研究了Makranis群体混合事件后正选择作用下的快速适应，包括肤色，乳糖耐性，疟疾抗性。

Exome Sequencing Provides Evidence of Polygenic Adaptation to a Fat-Rich Animal Diet in Indigenous Siberian Populations >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 11, 1 November 2017
作者研究了西伯利亚恩加纳桑人和雅库特人对严寒环境适应性的遗传机制，发现7个选择信号是西伯利亚人特有的，其中3个和饮食代谢相关，特别是脂肪代谢，暗示了西伯利亚人对高脂肪食物的适应性。作者发现这两个西伯利亚人群在~12,000-13,000年前分化，伴随持续的基因流过程。（基于多基因模型依赖的选择分析模型，方法可能有借鉴意义）

Detecting Long-Term Balancing Selection Using Allele Frequency Correlation >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 11, 1 November 2017
检测平衡选择（balance selection）信号的新方法。

Genome-Wide Analysis of Colonization History and Concomitant Selection in Arabidopsis lyrata >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 10, 1 October 2017
作者研究了不同地域（德国，英国，挪威，瑞典和美国）分布的琴叶拟南芥群体历史，以及适应当地环境的选择信号。

Genetic History of Xinjiang’s Uyghurs Suggests Bronze Age Multiple-Way Contacts in Eurasia >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 10, 1 October 2017
通过对来自14个地理亚群共951个新疆维吾尔族人芯片基因型数据的研究，揭示了维吾尔族人由于天山山脉隔断的南北群体分层，以及广泛存在的东西向基因流。发现了维吾尔族人与来自欧洲和东亚人群的两次群体混合事件。（文章使用了新的做Admixture的软件MultiWaver，该软件还未发表，有预印版，可以关注。）

Genomic Reconstruction of the History of Native Sheep Reveals the Peopling Patterns of Nomads and the Expansion of Early Pastoralism in East Asia >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 9, 1 September 2017
作者利用SNP芯片（54K或685K）对1016只羊进行了全基因组SNP检测，揭示了东亚绵羊的群体历史及其和游牧民族迁徙的关系。作者还研究了盘羊对驯化绵羊的基因渗透，及驯化绵羊内部的基因交流，以及驯化过程中对尾型等性状的人工选择。

Disentangling Timing of Admixture, Patterns of Introgression, and Phenotypic Indicators in a Hybridizing Wolf Population >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 9, 1 September 2017
作者研究意大利狼和狗近期杂交群体的历史，推断了杂交的时间，研究了杂交后保留的狗的性状。（这篇文章研究的近几十年的历史，在进化文章中少见）

Human Y-chromosome variation in the genome-sequencing era >>>

Nature Reviews Genetics 18, 485–497 (2017)
人Y染色体的综述。

Reference standards for next-generation sequencing >>>

Nature Reviews Genetics 18, 473–484 (2017)
基因组的大小和复杂度，以及样本准备、测序和分析过程中带来的技术错误对NGS数据的解读是很大的挑战。通过参考标准物的使用，可以理解和减少这些错误。（参考标准物是研究很透彻的对照DNA）

Rapid Genetic Adaptation during the First Four Months of Survival under Resource Exhaustion >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 7, 1 July 2017, Pages 1758–1769
大肠杆菌微进化。研究培养基耗尽后，大肠杆菌的适应性。

PopNet: A Markov Clustering Approach to Study Population Genetic Structure >>>

Molecular Biology and Evolution, Volume 34, Issue 7, 1 July 2017, Pages 1799–1811
新的群体遗传聚类软件。不依赖单一的参考序列，因此可以避免参考序列的选择带来的偏好性，比较适用于细菌。

A Critical Review on the Use of Support Values in Tree Viewers and Bioinformatics Toolkits >>>

Mol Biol Evol (2017) 34 (6): 1535-1542.
一般系统发育树以Newick格式储存，其中branch values如bootstrap等以node label的形式储存，在用软件如figtree进行rerooting的时候，会出现错误。文章对20种软件进行了测试，发现其中14个都会出现问题。

New Statistical Criteria Detect Phylogenetic Bias Caused by Compositional Heterogeneity >>>

Mol Biol Evol (2017) 34 (6): 1529-1534.
构建系统发育树的进化模型一般假定DNA序列的碱基组成是恒定的，但是实际数据并不符合。文章对碱基组成异质性对系统发育树的拓扑结构、枝长的影响进行了评估。

当我们所研究的物种有多个基因组组装版本的时候，我们往往需要将两个版本的位置对应起来。比如某个版本注释了某些转录因子，而另外一个版本没有注释，我们需要知道这些转录因子在另一个版本的位置。比如早期的QTL研究是基于老版本的参考序列，我们需要知道这些QTL在新版本参考序列中的位置等等。

最常用的工具是UCSC的LiftOver，如果你所研究的物种刚好是LiftOver支持的物种，那很幸运，可以直接使用其在线工具，或者下载chain文件后，通过pyliftover或CrossMap等工具转换。如果没有做好的chain文件，那需要自己生成。UCSC对于自行生成chain文件有详细的pipeline，所以这篇博客不对每一步作详细说明，只提供主要步骤说明，并避开UCSC流程中的一些坑。

Two extended haplotype blocks are associated with adaptation to high altitude habitats in East African honey bees >>>

PLoS Genet 13(5): e1006792.
作者通过对东非意蜂高海拔和低海拔群体进行全基因组测序，发现高海拔和低海拔群体基因组之间存在两个遗传差异非常大的区段。其中一个区段存在一系列章鱼胺受体，推测与高海拔和低海拔群体的学习和觅食行为差异有关。这两个区段极大的遗传差异暗示了这些群体古老的起源，祖先群体很可能在传播到当前区域之前就存在不同的环境适应性了。

Pollutants and Insecticides Drive Local Adaptation in African Malaria Mosquitoes >>>

Mol Biol Evol (2017) 34 (5): 1261-1275.
对喀麦隆地区941只疟蚊进行简化基因组测序，得到8000个SNP标记。分析发现这些蚊子存在城市和乡村的群体遗传分化，城市污染地区的蚊子存在对杀虫剂的适应性。